पाटन दरबार स्क्वायर में कृष्ण मंदिर सबसे महत्वपूर्ण मंदिर है। यह शिखर शैली की स्थानीय विविधता में बनाया गया था जिसे ग्रन्थाकुता कहा जाता है। पहली और दूसरी मंजिल के स्तंभ के ऊपर बीम के साथ पत्थर की नक्काशी सबसे उल्लेखनीय है। पहली मंजिल के खंभे नक्काशी महाकाव्य महाभारत की घटनाओं को बताते हैं, जबकि दूसरी मंजिल पर महाकाव्य रामायण के दृश्य नक्काशी हैं।
मंदिर का निर्माण 1667 में राजा सिद्धि नरसिंह मल्ल ने करवाया था। कहा जाता है कि एक रात राजा ने भगवान कृष्ण और उनकी पत्नी श्रीमति राधा को शाही महल के सामने खड़े देखा। उन्होंने उसी स्थान पर एक मंदिर बनाने का आदेश दिया। मंदिर में 21 स्वर्ण शिखर हैं। शिखर के नीचे तीन कहानियाँ हैं। पहली मंजिल में हर तरफ राधा और रुक्मिणी के मंदिर के साथ भगवान कृष्ण का मुख्य मंदिर है। दूसरी मंजिल भगवान शिव को समर्पित है और तीसरी लोकेश्वोर को (अवलोकितेश्वर)।